《秘密中的少女2》一名女子在公司團(tuán)建大巴上被迷暈后帶到實(shí)驗(yàn)室,她是第一代變種人且已懷孕,實(shí)驗(yàn)室以白博士為首的人想利用她創(chuàng)造更多變異人。多年后,實(shí)驗(yàn)室被一群變異人攻入,一位少女身中數(shù)彈,卻憑借強(qiáng)大修復(fù)能力逃出。少女逃出后被黑社會(huì)人員抓上面包車(chē),在車(chē)內(nèi)遇見(jiàn)了被黑社會(huì)老大龍久威脅交出農(nóng)場(chǎng)的慶熙。黑社會(huì)人員毒打慶熙,激怒了少女,她出手解決了這些人。車(chē)子沖進(jìn)樹(shù)林后,慶熙將少女帶回農(nóng)場(chǎng),把她當(dāng)作妹妹對(duì)待,少女在農(nóng)場(chǎng)逐漸恢復(fù)身體。 一天晚上,黑社會(huì)的人強(qiáng)行闖入農(nóng)場(chǎng),想要霸占農(nóng)場(chǎng),慶熙和弟弟大吉遭到毒打。少女運(yùn)用奇特能力趕走了他們。然而,一群變異人從黑社會(huì)口中得知少女蹤跡,奉命追捕少女的女特工趙賢和助手們也發(fā)現(xiàn)了她的位置,他們紛紛趕往農(nóng)場(chǎng)。變異人趕到農(nóng)場(chǎng)后殺了慶熙,大吉也被黑社會(huì)槍殺。醒來(lái)的少女想起與慶熙的相處時(shí)光,返回農(nóng)場(chǎng),利索地解決了變異人老大。女特工因正義感與變異人戰(zhàn)斗,卻敗下陣來(lái)。最終,少女用意念將變異人粉身碎骨。此時(shí),第一代魔女具子允出現(xiàn),她是少女的姐姐,此前襲擊實(shí)驗(yàn)室的變異人就是她派去的。姐妹倆終于團(tuán)聚,姐姐將藥物注射進(jìn)入妹妹體內(nèi),帶著妹妹離開(kāi),準(zhǔn)備合力救出她們的母親,影片就此結(jié)束。